De organisatie van Vereniging Eigen Paard bestaat uit het bestuur en het bureau. De taak van het bestuur is het besturen van de vereniging. Het bureau voert de dagelijkse werkzaamheden uit voor de vereniging.
Daarnaast wordt de vereniging bijgestaan door diverse adviseurs waar de leden van de vereniging terecht kunnen met al hun vragen. Daarnaast kunnen zij onze leden van dienst zijn tegen een gereduceerd tarief.